普通のサルーンをはじめ、業務用から高級車まで、ここまでのバリエーションが可能であったのは、ボディ、シャーシ、エンジン、トランスミッションがほぼ独立した設計になっていたからで、「運転席のペダルから後ろ」は好きなように改造が可能であったためです。

しかし、「ペダルから前の改造」によりミニの性能は格段に向上します。クーパーの登場です。

発売当初からミニに対してはその基本性能の高さ故に、スポーツ・カーとしての側面も注目されていました。
そして、チューニングが流行しましたが、そのチューナーの一人に、既にコントラクターとして名を馳せていたジョン・クーパーがいました。
彼はイシゴニスとも友人の間柄で、ミニ使いでもありました。
そこで、彼は「カー・レーサーが普段乗るような車」というコンセプトの基、ミニを改造することにしました。

まず、エンジンにはA-seriesの997ccツイン・キャブレターを用い、制動性能を上げるため前輪はディスク・ブレーキに、そして、ギア・レバーとボディ形状を変更しました。
その結果、848ccの34馬力に対して56馬力、最高速度136km/hr、時速60マイル（約100km/hr）まで加速するのに要する時間17.2秒と、当初は改造に懐疑的であったイシゴニスも驚くほどの性能を持つようになりました。

このミニの生産台数は当初、1000台（「市販車」としてラリーに参加するための最低生産台数）でした。これがミニ・クーパーです。

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1962年にミニ・クーパーは世界各国のレースで153勝を上げます。
それ以降も色々なレースで勝利を収めますが、その中でも特に有名なのが1964、1965、1967年にモンテカルロ・ラリーを制したことでしょう。

そして、ミニ・クーパーは1000台どころか、1961年から8年間、オースチンとモーリスの両ブランドから生産・販売されました。
（なお、1964年からは排気量が997ccからに変更されます。）

さらに、ダウントン・エンジニアリングのダニエル・リッチモンドが改造を加えます。
それが1963年3月から登場したミニ・クーパーSです。

当初、クーパーSのエンジンはショート・ストロークの1071ccでした。翌1964年の初めには1275ccと970ccのエンジンが加わり、同年1071ccを載せたタイプは生産が中止されます。
そして、970ccのタイプは1965年の初めに生産が中止され、結果として1275ccのタイプのみとなります。

いずれもオースチン、モーリスの両ブランドでの生産・販売で、1275ccは後のマーク2およびマーク3にも引き継がれます。